Le origini del risotto alla milanese risalgono al Medioevo e sono collegate a un'analoga ricetta della cucina araba e della cucina ebraica.
Nel Medioevo, in Italia, questa pietanza era conosciuta come riso col zafran.
La prima ricetta nota perviene dal 1574, alla tavola del vetratista belga Valerio di Fiandra, che all'epoca risiedeva a Milano poiché stava lavorando alle vetrate del Duomo di Milano.
Per il matrimonio di sua figlia i suoi colleghi vetratisti fecero aggiungere a un risotto bianco al burro dello zafferano: questa spezia era infatti utilizzata dai vetratisti per ottenere una particolare colorazione gialla dei vetri.
Il nuovo piatto ebbe subito successo, sia per il suo sapore che per la sua tonalità gialla, che ricordava l'oro, sinonimo di ricchezza.
Lo zafferano ha anche riconosciute proprietà farmacologiche e quindi il risotto giallo si diffuse presto nelle osterie e nelle taverne milanesi.
Il risotto alla milanese scomparve subito dalle cronache per ricomparire sui documenti nel 1809, quando viene definito "riso giallo in padella".
In seguito, nel 1829, su un altro libro di ricette, la celebre pietanza meneghina viene definita "risotto alla milanese giallo", prendendo la denominazione con cui è universalmente conosciuta ancora oggi.
Nel ricettario Nuovo cuoco milanese economico di Giovanni Felice Luraschi, tra gli ingredienti del risotto giallo compare anche la cervellata, la tipica salsiccia milanese.
Il risotto alla milanese era presente in diverse versioni nei ricettari che dall’inizio del Novecento cominciano ad essere scritti anche da donne sebbene contenessero solo l'elenco degli ingredienti, senza altre indicazioni sulle dosi o sul metodo di cottura.
Nel 1917 l’Associazione nazionale cucinieri pubblica Cucina di guerra, un ricettario che raccoglie ricette particolarmente economiche e pratiche, inserendo le dosi necessarie in ogni ricetta.
Nel 1984 scrisse la moderna interpretazione di Gualtiero Marchesi, una delle più famose, “oro e zafferano” che, oltre a specificare la qualità di riso aggiunge, all'ultimo momento, quattro lamine finissime d'oro.