La prima vera unione tra la pasta ed il pomodoro avvenne a metà del Settecento.
Una storia spesso raccontata sostiene che l'11 giugno 1889, in onore della regina consorte d'Italia, Margherita di Savoia, il pizzaiolo napoletano Raffaele Esposito creò la "Pizza Margherita", una pizza guarnita con pomodori, mozzarella e basilico, per rappresentare il colori nazionali dell'Italia come sulla bandiera dell'Italia.
In realtà, la Margherita esisteva già da diverse decenni: viene descritta in un libro del 1866 insieme alla Marinara e al Calzone e in un’altra pubblicazione del 1830 si parla di una pizza condita con pomodoro, mozzarella e basilico.
Nella Napoli del XVI secolo, una focaccia di galette veniva comunemente chiamata pizza.
Conosciuto come il piatto per i poveri, veniva venduto per strada e conobbe in fretta un gran successo, fino a diventare un piatto amato anche dai nobili borbonici.
Ne esistevano già diverse varianti: la "mastunicola", preparata con basilico, strutto, formaggio, e pepe, e la pizza ai "cecinielli", ossia preparata con minutaglia di pesce.